Село Баня се намира в планински район на 801 м н.в. в центъра на Разложката котловина между три планини – Пирин, Рила и Родопите. Отстои на 5 километра от Банско и Разлог, на 25 километра от Якоруда и на около 150 километра от София и Пловдив. Оттук минава жп линията Септември – Добринище, която е построена през 30-те години на XX век.